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平成16年3月、プロジェクト推進に関する協定が締結されました。この協定に基づき、全ての赤谷プロジェクトの取り組みは、中核3団体で構成する「企画運営会議」で企画・検討・決定します。
赤谷プロジェクトでは、これらの関係者が、それぞれの立場やノウハウを活用しつつ相互に協力して、調査研究活動、森林の整備・保全や環境教育を総合的に進めています。
プロジェクトの活動は、自然環境モニタリング会議が各ワーキンググループを統括し実施しています。詳しくは、Contents活動内容をご覧ください。